一、产品简介
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究蛋白质与DNA相互作用的经典技术,普遍应用于基因组转录因子结合特征、组蛋白修饰特征等研究。该技术与二代测序相结合形成了ChIP-seq技术,后者广泛应用于动物、植物和人类功能基因组研究,揭示特定蛋白与基因组DNA互作关系,解析基因表达调控规律。
二、服务流程
1. 适用多种组织、细胞样品:新鲜、冰冻组织均可,各种细胞均可。
2. 样品低起始量:组织样品最低为1g/样,细胞最低为5×107个 /样。
2020年11月,美国西北大学Hongbo Yang等在《Nature》杂志发表斑马鱼基因组调控元件研究结果。研究通过H3K4me3、H3K27ac两个因子ChIP-seq数据鉴定出斑马鱼基因组启动子和增强子元件;通过H3K9me3、H3K9me2两个因子ChIP-seq数据鉴定出斑马鱼基因组异染色质区域。另外,研究还通过多组学整合分析,对斑马鱼基因组进行了全面注释。
文献: A map of cis-regulatory elements and 3D genome structures in zebrafish, 2020, Nature
2020年2月,华中农业大学Zhou等在《Cell death & Disease》杂志发表miRNA调控成肌细胞增殖分化研究结果。研究通过整合miRNA测序、转录因子ChIP-seq及ATAC-seq等数据,解析了miRNA在成肌细胞增殖分化过程中的表达调控规律。结果发现在成肌细胞分化过程中,miRNA表达受染色质开放状态调控。
上图:整合多组学数据解析成肌细胞增殖分化过程中miRNA表达调控分子机理
文献: Chromatin accessibility is associated with the changed expression of miRNAs that target members of the Hippo pathway during myoblast differentiation, 2020, Cell death & disease
1. 样品类型及样品量
新鲜组织、冻存组织、新鲜细胞、冻存细胞与IP富集DNA样品都可以;其它类型样品请详询。
细胞样品最低 5×107个/样;组织样品最低1g/样;IP富集DNA样品最低10ng/样。
2. 采样注意事项
(1)重复性控制:采样要尽量保证时间、部位、性别、年龄等条件一致。
(2)避免交叉污染:采样过程中尽量避免样品间相互污染。
3. 样品保存
(1)组织样品:动物处死后30分钟内,完成组织采集,组织简单剪碎后装入2ml冻存管,液氮速冻,速冻至少2小时,然后转入-80℃冰箱保存。采样尽量保持低温,操作要迅速,避免样品降解(具体细节请详询)。
(2)细胞样品:1%甲醛固定(具体细节请详询)。